Die Insel Santa Fe enstand durch Lavaflüsse die im Meer aus den tieferen Schichten hochgepresst worden sind und später durch seismische Aktivitäten angehoben worden sind (kürzliche Untersuchungen haben allerdings ergeben, dass vulkanische Aktivitäten auch noch nach Erhebung der Insel aus dem Meer stattgefunden haben). Die 24km² grosse Insel weist daher einige parallel verlaufene Klippen auf, die durch tektonische Aktivität entstanden sind und hat ein Alter von ca. 3.9 Millionen Jahren. .

Santa Fe bietet eine der schönsten und zeitgleich am Besten geschützten Buchten des Archipel. Die türkisfarbene Bucht der Insel ist von einer Halbinsel aus kleinen in einander übergehenden Inseln geschützt und bietet einen der Besten Ankerplätze der Galapagos Inseln. Santa Fe liegt im Süden der Insel Santa Cruz in Sichtweite des Hafens Puerto Ayora. Geologisch ist Santa Fe eine der ältesten Inseln von Galapagos und von der Luft kann man noch heute gut die Formen der vulkanischen Aktivitäten sehen.

Eine Nasslandung an dem weissen Strand der Bucht wird in der Regel von einer lautstarken Begrüssung durch die hiesige Seelöwenkolonie Begleitet. Die Bullen kämpfen um die Vorrangstellung bei den weiblichen Mitgliedern der Kolonie während die Weibchen dem Treiben gelassen bei einem Sonnenbad vom Strand aus zusehen. In den Kronen der umliegenden Salzbüsche kann man oft den Galapagos Bussard sehen. Ein kleiner Pfad führt von dem Strand durch dichte Trockenvegetation in das Hinterland der Insel. Wer dem Pfad bis hoch auf die Klippen folgt wird mit einer grossartigen Aussicht über die Bucht und die Insel belohnt. Unter den grossen baumhohen Opuntien können zumeist die endemischen Landleguane der Insel gesichtet werden, die hier darauf hoffen, das seine der Blüten oder der Früchte der Opuntien herabfällt – eine wahre Delikatesse für Landleguane!